自然資源部發布調查報告，指菲律賓在南海仁愛礁非法坐灘軍艦以及相關人類活動，破壞仁愛礁的珊瑚生態系統，菲方應清走軍艦，消除污染源，避免繼續對珊瑚礁生態造成持續性和累積性危害。

報告由南海生態中心和南海發展研究院共同編制，指根據衛星遙感和現場調查數據，顯示軍艦非法坐灘，已嚴重損害珊瑚礁生態系統的多樣性、穩定性和持續性，包括礁石珊瑚覆蓋面積大幅下降，軍艦附近有大量珊瑚礁碎塊和死亡的珊瑚；礁區的大型底棲無脊椎動物族群結構失衡；礁區海水中重金屬、油類、活性磷酸鹽含量明顯高於歷史紀錄；礁區亦散布漁網等各類人為棄置物。

報告認為，軍艦非法坐灘過程，對珊瑚礁生態系統造成致命性破壞；軍艦鏽蝕破亦釋出重金屬，艦上人員生活垃圾與污水排放對珊瑚的健康生長造成長期性危害；艦上人員及菲律賓漁船棄置的漁網漁線，亦對珊瑚礁生態系統健康造成了嚴重影響。