日本有研究發現，若接種2劑輝瑞疫苗後，第3劑轉打莫德納，體內抗體水平較3針都是接種輝瑞的人高，但出現副作用的比率也較高。
日本厚生勞動省的研究小組對最早接種第3針的醫護人員進行調查，發現3針都打輝瑞，接種後1個月，體內的平均抗體水平是接種前的54.1倍；第3劑接種莫德納疫苗，抗體則有67.9倍。
但第3針轉打莫德納的人出現發燒、疲倦和頭痛的比率都較輝瑞高。49%接種莫德納後會發燒至38度，接種輝瑞的則只有21%人出現同樣情況。另外，研究中有2名第3針接種輝瑞的人懷疑出現心肌炎；莫德納方面則沒有出現類似情況。
日本目前只有12%人已接種加強劑，當中71%接種輝瑞，28%人接種莫德納。