加拿大的民航管理系統亦發生故障，但未有影響航班升降，事故與美國聯邦航空系統故障事故相距不足兩小時。加拿大民航官員指，當地東岸時間周三早上十時許，航空安全通知系統出現故障，截至下時一時許才修復，期間啟動緩解方案，航空交通未受影響。官員指，發生故障的系統，與美國使用的系統類似，但相信與美國的事故無關，會調查事故原因。