日本防衛省在沖繩縣石垣島開設陸上自衛隊新駐地。石垣新駐地面積約47公頃，有約570名隊員，由負責石垣島、與那國島等島嶼防衛和警備的「八重山警備隊」，以及可運用12式陸基反艦導彈、03式中程防空導彈的導彈部隊等組成。防衛省認為，設置石垣新駐地後，日本西南諸島不再有防衛空白地區。共同社報道，做法是考慮到中國而加強防衛體制。
日本陸上自衛隊在沖繩與那國島和宮古島，以及鹿兒島奄美大島，亦有駐地。其中，與那國島駐地設有沿岸監視隊，監視艦艇和飛機活動；宮古島和奄美大島有導彈部隊及警備部隊。