菲律賓總統小馬可斯祝賀賴清德，當選台灣下一任領導人。他在社交平台發文指，代表菲律賓人民祝賀賴清德，期待在未來日子密切合作，加強共同利益，促進和平，確保兩地人民的繁榮。賴清德亦發文回應，指他非常珍視台灣與菲律賓之間持久的友誼，期待加強台菲經濟及民間聯繫，倡導區內民主、和平與繁榮。
預料小馬可斯的祝賀會引來中方抗議，但中國駐菲律賓大使館暫時未有回應。在台灣大選後一日，菲律賓外交部曾發聲明，再次確認中菲建交公報中所包含的原則，重申菲方堅持一個中國政策。