日本環境省對供水給學校、醫院等特定場所的「專用水道」，進行有機氟化合物濃度調查，結果發現全國44處地點超標，分布在10個都府縣。其中位於福岡縣的航空自衛隊蘆屋基地超標30倍，東京都和岐阜縣的自衛隊設施也驗出較高的數值。環境省指，超標的場所有法律義務檢查水質和改善情況。
有機氟化合物廣泛應用於工業產品，由於不易分解，會在環境和人體中積累，導致健康問題。日本目前規定，有機氟化合物濃度每升不可超過50納克。