日本經濟新聞報道，日本防衛省考慮到兩岸一旦發生衝突，自衛隊基地可能遭到攻擊，正推進將自衛隊司令部「地下化」。防衛省預計在2024年度結束前，著手將11個設施「地下化」，2025年度就將3處司令部「地下化」，包括航空自衛隊的北海道千歲基地、靜岡縣的濱松基地，以及海上自衛隊在京都的舞鶴地方總監部。報道指，整備了較多是位於九州及沖繩的航空自衛隊基地。日本政府已在2025年度預算案中，編列726億日圓，作為自衛隊司令部「地下化」的相關費用，較2024年度增加超過8倍。
位於東京都市谷的日本防衛省總部，指揮自衛隊的中央指揮所，以及位於神奈川縣橫須賀市、集合海上自衛隊主要部隊的「海上作戰中心」等，都已「地下化」。日本自衛隊那霸醫院早前改建時，亦已將部分設施移至地底。