港府表示，堅決及強烈反對美國國務院2021年度人權報告中，多項針對特區政府的不實指控，強烈敦促美國立即停止因自身的偏頗政治利益公然違反國際法，干預純屬中國內政的香港事務。

發言人說，完善選舉制度令「愛國者治港」原則得以全面落實；又重申執法部門在港區國安法或任何本地法例下，均根據證據、嚴格依照法律，以及按有關人士或單位的行為採取執法行動，與職業、背景或政治立場無關，而法院只會在毫無合理疑點下，信納被告人兼備相關的犯罪行為和犯罪意圖，才會裁定被告罪成。至於報告針對設立指定法官名單處理危害國家安全案件的指控，不但毫無根據，更與事實不符。

學術自由方面，各專上院校在管理校政，包括處理學生會事宜享有自主權，各院校正依照法例要求和院校自主原則，履行有關維護國家安全的法律責任。發言人又指，有關港府以港區國安法針對和打壓獨立傳媒的指控，毫無事實根據，指外國同樣有就司法管轄區訂立國家安全法律，涵蓋範圍甚至較港區國安法更廣，強調香港的傳媒環境蓬勃依然。

對於報告對香港個別組織在去年宣布解散表示關注，特區政府重申，結社自由在香港特區受《基本法》保障，然而儘管結社自由應被尊重和保障，但有關自由並非絕對，而是可基於法律規定及為有需要保障國家安全或公共秩序等合法目的，予以限制，有關部門可根據相關法律規定解散某些組織，行動定當嚴格按照法律規定進行。