有報道指有教師反映不懂分辨學校圖書館個別藏書是否違反《港區國安法》，承認有「自我審查」，將多本書籍下架。教育局長楊潤雄指，學校選書的大原則是要適合學生年齡和配合教學需要，並要確保圖書館不會有危害國家安全的書本，認為當局的指引已經很清晰，如果學校有問題，可以向當局尋求支援。他又認為，不論有否國安法，學校都有必要教導學生正向思維，愛護國家，不認為國安法的要求與學校教學有衝突。
教育界立法會議員朱國強表示，如果有書本涉嫌違反《港區國安法》，下架非常正常及應該。他表示，曾與圖書館主任開會，他們反映需要花很多時間檢視圖書有否違反國安法，希望教育局可提供支援，例如個別書本確認有問題後，可向學校通報，方便學校處理。