行政長官李家超上任後，召開首次「抗疫督導委員會」會議，指要強化抗疫指揮架構，成立由行政長官監督的「應對疫情指導及協調組」，應對疫情出現不時變化，有效處理涉及跨政策局範疇的抗疫事宜，轄下設立「應對疫情指導及協調組辦公室」，由醫務衞生局長盧寵茂擔任辦公室主任，研究、建議和推動防疫抗疫方案及措施，又在13個範疇，包括抗疫科技應用、指定檢疫酒店、檢測、社區隔離設施以及疫苗接種等，成立專責組，由不同司局長或部門首長負責。

李家超表示，強化後的抗疫指揮架構，將可加強和加快決策過程，作出有效指揮，確保抗疫措施準確到位，並更能統籌跨局及跨部門的抗疫工作。