香港兒童醫院早前推行住院兒童新冠疫苗接種計劃，醫生會評估留院兒童是否適合接種疫苗，向家長講解接種疫苗的注意事項。兒童及青少年科副顧問醫生郭美均表示，留院的大部分都是患有癌症、心臟病等慢性病兒童，院方會鼓勵他們接種疫苗。
院内設有兒童社區疫苗接種中心，為5至11歲兒童接種復必泰疫苗，至今已接種超過5萬1千劑疫苗。兒童醫院院長李子良表示，如果政府有需要，可研究在接種中心提供科興疫苗。