審計報告批評政府審批科技券需時長。審計署審查前年至去年的申請個案，發現負責人員收到申請後，平均要半年時間，才要求申請者澄清資料。署方亦發現，即使已經完成評審，平均亦要5.9個工作天，才將結果通知申請人，比指引提出的2個工作天長。由項目開展至接獲評審結果，平均亦要相隔10.6個月，有4成3個案更相隔超過1年。

審計署又指，科技券計劃委員會委員，出席會議的比例由3成至8成8不等，有會議的出席率更只有1成3。