環保團體「綠色和平」聯同天文台前台長林超英等，發表《明日大嶼廿質問》意見書，對交椅洲人工島填海工程的造價及財務、氣候、規劃、生態、工程及政策，共6方面範疇提出質疑。

林超英質疑，政府在人工島建Y型水道，低估氣候風險，未能有效減低熱島效應，而要倚靠海風，又預料未來200至300年，甚至上千年，都會持續出現海平面上升的趨勢，反問政府現有設計是否經周詳考慮、有否顧及未來幾代人的安危。

林超英：不宜只參考外國做法　「自己有腦自己諗」

對於發展局在社交網站發文，不點名批評林超英的假設不合理及不符合國標準則，林超英回應指，相關假設來自聯合國「政府間氣候變化專門委員會」發表的權威報告，形容是事實。他反駁說，發展局及工程界，以平均推算的海平面作為參考，反映他們不掌握科學概念，認為防災工作應該連1%會出現的機會都預防。他又提出，政府與其在人工島興建20公里的新海岸線，不如投放更多資源，在舊區做好防水浸的工程。

林超英批評，政府依賴不熟悉氣象的工程界，是「外行人管內行人」，甚至以工程技術可行性凌駕科學。他認為，政府不能只參考國際做法，應該「自己有腦自己諗」，即使全球未有其他國家地區考慮到的問題，香港都應以人民福祉去考慮。

潘焯鴻：政府疑低估工程造價

有份撰寫報告的「香港方略」首席研究員潘焯鴻表示，政府對項目的最新估價，未有參考最近的同類工程造價，並有不少錯漏。他指，根據最近評估，路政及土木工程價格升幅是23%，而非政府提出的15%；保守估計，截至去年中，交椅洲人工島填海項目造價已接近9000億元，質疑政府低估了造價。

中大城市研究課程主任伍美琴則指，全球趨勢都講求綠色設計，以免破壞環境，認為填海造地不符合21世紀的設計原則。她建議政府，優先運用新界剩餘用地，並解決多年來累積的棕地問題。

「綠色和平」資深項目主任陳可淳表示，政府展開公眾諮詢後，只集中諮詢十多個委員會和專業團體的意見，未有完全聽取民間聲音，甚至批評民間的研究是危言聳聽。她說，相關諮詢期只剩不足一周，呼籲公眾多提意見。