發展局正就新田科技城土地用途進行公眾諮詢，預計明年內填平約90公頃魚塘用作創科用地。長春社等多個環保團體發聲明，指當局有淡化重大生態影響之嫌，亦未有在規劃前於當地進行生態研究。團體指出，發展計劃將會摧毀政府當初設立保育后海灣濕地的重要制度，將嚴重破壞生態，影響多種瀕危動物，促請政府懸崖勒馬，修改新田科技城的方案。

綠色力量總監鄭睦奇指，當局的規劃涉及濕地緩衝區，但未有重新進行環境影響評估，批評政府做法是「旁門左道」，擔心如果政府成功推展項目，其他私人發展商會仿傚。長春社公共事務主任周藹銓指，發展局未等漁護署完成北部都會區濕地保育公園的生態研究，就搶先公布新田科技城方案，並將「保育公園」矮化為「補償公園」，有違濕地保育的原意。

觀鳥會保育主任黃雪媚表示，受發展影響的濕地預計達248公頃，當中包括國際鳥盟認可的重點鳥區和政府於2004年公布的12個需要優先加強保育的地點，擔心大量的候鳥以及瀕危動物會受影響。