除夕跨年倒數活動後，大批內地旅客凌晨在尖沙咀及太子輪候跨境直通巴士。運輸署首席運輸主任王伯健表示，當晚凌晨2至3時開始，皇崗口岸一帶出現交通擠塞，車龍由關口延伸至新深路，甚至新田公路，有直通巴困在車龍內，未能快速完成北行班次服務並返回市區載客。
 
王伯健在本台節目解釋，正重建的皇崗口岸，需使用臨時設施清關，自去年初兩地恢復正常通關後，使用量一直偏低，每日平均雙向客流量約3萬人次，即使是夜間有演唱會的繁忙日子，全日雙向客量都只有約4萬人次，直通巴營辦商有能力應付；但跨年當晚由午夜12時至清晨6時，雙向客流量近3.5萬人次，當中2.6萬人次屬北上人潮。他說，短時間內口岸過境人流急增，造成擠塞，形容人流比預期的高峰更高，是特殊情況。

已要求「加人加車」　營辦商確認可加至10分鐘一班車

王伯健表示，署方每逢「大時大節」前夕，都會與直通巴營辦商，商討節慶假期的交通安排，除夕中午左右發現南下旅客流量增多，已透過即時通訊群組及致電營辦商，要求於晚間「加人加車」，疏導返回內地的人潮；當時營辦商已確認，繁忙時段可由平時15至20分鐘一班車，加至10分鐘一班車。運輸署當日亦有聯絡警務處，要求協助直通巴司機開車前往總站載客。

他形容，運輸署及直通巴公司都已盡力，但承認今次安排效率較低，署方將檢視是否有其他更好的地方可用作直通巴臨時總站，以免下次有類似活動時，總站服務會再受人流影響。他又指，運輸署會研究便利措施，包括設立直通巴專線，加強疏導過境人流。

直通巴營辦商：口岸擠塞非可控範圍

中港澳直通巴士聯會秘書長李少鳴認同，除夕當晚的情況特殊，屬預期之外，導致各方應變得較慢，指口岸擠塞情況並非可控範圍，但若預早劃出指定上落客區域，並加強在落馬洲指揮交通，相信情況會有改善。他又提出，今次不少選擇即日來回的旅客，未有提前購買直通巴車票，指有大批乘客臨時購票，會令公司未能及早調動資源配合。

民建聯立法會議員劉國勳則指，隨著大灣區融合，加上本港舉辦多項「夜繽紛」活動，當局應在下一個過境高峰，即農曆新年前，部署好各項交通及過關便利安排，包括估算人流等，並要準備在「勢色不對」的時候啟動預案。他再次建議，延長多個口岸的通關時間，例如深圳灣和蓮塘/香園圍口岸，均應24小時通關。他又認為，可參考歐盟做法，指香港與內地長遠應研究逐步消除兩地之間的物理邊界，達致「合作查驗、一次放行」的做法，即是「去一個大堂、排一次隊、檢查一次」就能過關；亦可探討以人臉識別技術，或無線射頻感應，加快清關時間。